Естественная классификация — разделение (или, наоборот, группировка) предметов и явлений по существенным признакам, характеризующим их внутреннюю общность. В отличие от искусственной классификации, которая сосредоточена на внешних признаках, естественная больше ориентируется на внутреннее содержание исследуемого предмета. В частности, группировка предмета со схожими по сути (овощи, посуда, техника) — это естественная классификация. А группировка объектов по цвету, например, апельсин объединяем с оранжевым мячом, т.к. они похожи по цвету (оранжевый) и форме (круг) — это искусственное классифицирование.
В Data Science, Data Mining и Machine Learning чаще встречается именно искусственная классификация, поскольку анализировать внешние признаки проще. Однако, в более сложной задаче синтеза новых объектов, встречаются элементы естественной классификации. В настоящее время это больше свойственно человеку, чем методам искусственного интеллекта.